COVID-19: Collections of Datasets - Βιβλιοθήκη Π.Γ.Ν. "Αττικόν"

Σε συνέχεια της προσπάθειας υποστήριξης του έργου της πληροφόρησης της επιστημονικής κοινότητας έναντι της παγκόσμιας κρίσης της δημόσιας υγείας λόγω της εξάπλωσης της Covid-19, ενημερώνουμε:  

Το ινστιτούτο   European Molecular Biology Laboratory – European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) έχει δημιουργήσει την Πύλη Pathogens COVID-19, στην οποία συγκεντρώνονται δεδομένα αναφοράς και ευρύματα/αποτελέσματα σε κοινή χρήση (free share data) προκειμένου να χρησιμοποιηθούν (upload, access and analyse)  από ερευνητές με συντονισμένο τρόπο, ώστε να κατανοηθεί η ασθένεια και να   αναπτυχθούν θεραπείες και εμβόλια.

https://www.ebi.ac.uk/covid-19 

Αντίστοιχα η Ευρωπαϊκή Πύλη Δεδομένων (European Data Portal) προσφέρει μια ειδική ενότητα για την COVID-19, παρουσιάζοντας σύνολα δεδομένων με σκοπό την καλύτερη κατανόηση της τρέχουσας παγκόσμιας έκτακτης ανάγκης.

https://www.europeandataportal.eu/en  

Tο Korea Centers for Disease Control & Prevention της Νότιας Κορέας παρέχει σύνολο δεδομένων που ενημερώνεται δυναμικά:

 https://www.kaggle.com/kimjihoo/coronavirusdataset

και αντίστοιχα για την Ιαπωνία:

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1jfB4muWkzKTR0daklmf8D5F0Uf_IYAgcx_-Ij9McClQ/edit#gid=0  

Ο Ευρωπαϊκός Διακυβερνητικός Οργανισμός ELIXIR παρέχει μια σειρά υπηρεσιών για τη μελέτη της νόσου.

https://elixir-europe.org/services/covid-19-resources 

Access data relevant to COVID-19

 https://elixir-europe.org/services/covid-19-resources#access

Tο National Center for Biotechnology Information έχει δημιουργήσει ένα αρχείο δεδομένων με γενετικές ακολουθίες:

 https://datarepository.wolframcloud.com/resources/Genetic-Sequences-for-the-SARS-CoV-2-Coronavirus

To Instruct-ERIC, μια πανευρωπαϊκή ερευνητική υποδομή για τους Ευρωπαίους ερευνητές έχει αντίστοιχα δημιουργήσει έναν κατάλογο εργαλείων, πληροφοριών και υποστήριξης των ερευνητών για την ασθένεια.

https://instruct-eric.eu/covid19 

To Research Data Alliance (RDA) παρουσιάζουν τη συνεργασία τεσσάρων σημαντικών διεθνών οργανισμών δεδομένων

 https://www.rd-alliance.org/data-together-covid-19-appeal-and-actions

To OpenAIRE, η πανευρωπαϊκή υποδομή για την ανοικτή γνώση, προσφέρει την Πύλη https://www.openaire.eu/openaire-covid-19-gateway όπου περιλαμβάνονται δεδομένα με διάφορους τρόπους: 

1) με κατευθείαν εξόρυξη των δεδομένων από το OpenAIRE, 

2) άμεση ροή από την κοινότητα Zenodo COVID-19, 

3) συγκέντρωση από ευρωπαϊκές και παγκόσμιες πηγές, 

4) από πιστοποιημένους χρήστες που συνδέουν επιστημονικά προϊόντα/αποτελέσματα με την ασθένεια.

https://beta.covid-19.openaire.eu/  (closed and open access).

To European Strategy Forum on Research Infrastructures (ESFRI) παρουσιάζει αντίστοιχες υπηρεσίες και πηγές

 https://www.esfri.eu/covid-19

Η Βάση BIP! Finder for COVID-19 συγκεντρώνει και ταξινομεί άρθρα. Ερευνητές του Ερευνητικού Κέντρου «Αθηνά» παρέχουν κατάταξη των εργασιών με τα εξής κριτήρια: 

1) Popularity (Citation-based measure reflecting the current impact) 2) Influence  (Citation-based measure reflecting the total impact),   

3) Reader attention (The current number of Mendeley readers) και  

4) Social Media attention (The number of tweets related to this article).

https://bip.covid19.athenarc.gr/  

Από την Επιτροπή Εθνικού Δικτύου Υποδομών Τεχνολογίας και Έρευνας (ΕΔΥΤΕ) το GRNET ανοίγει την υποδομή HPC για άμεση έρευνα μέσω υψηλής προτεραιότητας και γρήγορης διαδικασίας επισκόπηση.

https://hpc.grnet.gr/news-events/grnet-hpc-resources-for-research-against-covid-19-pandemic/  

Additional Resources

• COVID-19 Research Database (provided by the WHO)
• LitCOVID (provided by the NIH)
• COVID-19 Resource Page and CORD-19 AI Powered Search (provided by Microsoft)
• COVID-19 Research Export File (provided by Dimensions)
• Day-Level COVID-19 Dataset (hosted on Kaggle)
• COVID-19 Global Cases (provided by Johns Hopkins University)
• COVID-19 Open Patent Dataset (hosted by Lens.org)
• COVID-19 Global Rheumatology Registry (provided by the Global Rheumatology Alliance)
• COVID-19 Literature Review Collection (hosted by Cochrane Library)
• CORD-19 Search Engine (provided by Verizon Media)
• COVID-19 Policy Dataset (provided by Overton)
• COVID-19 DOC Search Engine and Resource Page (provided by Doctor Evidence)
• COVID-19 Clinical Trials Tracker (provided by TranspariMED)
• ASReview - Active learning for Systematic Reviews (provided by Utrecht University)
• Blog Post: Computer Scientists Are Building Algorithms to Tackle COVID-19

Compute Resources

AWS Resources and programs supporting COVID-19 research:

• AWS Diagnostic Development Initiative Web Portal
• Registry of Open Data on AWS, COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19)

Με εκτίμηση,

Εύα Πεσματζόγλου

Υπεύθυνη Ιατρικής Βιβλιοθήκης

ΠΓΝ Αττικόν